有些斜视病因不详且临床分类困难，临床表现也比较复杂，这类斜视统称特殊类型斜视。临床上主要有：垂直分离性斜视(dissociated vertical deviation，DVD)、先天性颅神经异常支配综合征(Congenital Cranial Dysinnervation Disorders，CCDDs)、甲状腺相关眼病(thyroid associated ophthalmopathy，TAO)、上斜肌肌鞘综合征Brown syndrome)等。
   
    (一)垂直性分离性斜视
    发病机制不明。其主要特点为两眼交替上斜视，眼球运动不遵循Hering法则，两眼运动呈分离状态。
   
    (二)先天性颅神经异常支配综合症
    CCDDs为一组特殊类型的斜视综合征，是由于支配眼肌和面部肌肉的颅神经发育异常造成。包括先天性眼外肌广泛纤维化1、2、3型，先天性上睑下垂，Marcus Gunn下颌瞬目综合征，Duane眼球后退综合征，Duane桡侧列综合征，伴有进行性脊柱侧凸的家族性水平注视麻痹和Möbius综合征等，同时也包括非眼性颅神经发育的异常，如先天性家族性面神经麻痹。
    1．Duane眼疾后腿综合症(Duane retraction syndrome，DRS)  尸检和影像学研究发现：Duane眼球后退综合征患者展神经缺损，支持本病为原发神经源性病变而不是长期认为的肌源性。电生理研究也表明：此病正常支配眼外肌的展神经缺如或受损，外直肌受到动眼神经的矛盾性支配。临床以眼球运动限制、眼球后退和异常头位为主要特征。
    2．先天性眼外肌广泛纤维化综合症(congenital fibrosis of extraocular musles，CFEOM)